中国探索建立排污许可制度的历史可以追溯到上世纪80年代。1988年，国家环保局制定了《水污染物排放许可证管理暂行办法》，并下达了排污许可证试点工作通知。1989年，国家环保局又下发了《排放大气污染物许可证制度试点工作方案》，分两批组织23个环境保护重点城市及部分省辖市环保局开展试点工作。老一辈的环保人还努力推动将实施排污许可制度的要求写进了《大气污染防治法》《水污染防治法》和《环境保护法》中，要在中国探索建立这个已经被发达国家验证有效的先进环保制度。
自80年代末以来，各地开展了很多排污许可试点工作，这当中既有经验也有教训。但总体看，排污许可制定位不明确，企事业单位治污责任不落实，环境保护部门依证监管不到位，使得管理制度效能难以充分发挥。
2015年是中国环保事业的一个转折年。那时候，多地大面积的雾霾正牵动着人们的神经，企业的污染物排放问题是个“老大难”，污染源底数不清且管控不到位也是环保工作的一块短板。民众的期待与需求与环境质量迟迟未能改善成为迫切需要解决的矛盾。也是在那个时候，当时的环境保护部组织了四轮生态环保重点工作创新大讨论，反躬自省，推陈出新，力求理顺制度框架和管理体系，打开环保工作的新局面。
也是在那个时候，党中央在谋划着全局性的生态文明体制大改革，作为其中一个重要的课题，固定污染源基础制度的革新正在积极酝酿。
自党的十八届三中全会将“完善污染物排放许可制”写入《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》后，十八届五中全会又在《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十三个五年规划的建议》中提出“改革环境治理基础制度，建立覆盖所有固定污染源的企业排放许可制”。
2015年9月11日由中央政治局会议审议通过的《生态文明体制改革总体方案》明确要求：“完善污染物排放许可制。尽快在全国范围建立统一公平、覆盖所有固定污染源的企业排放许可制，依法核发排污许可证，排污者必须持证排污，禁止无证排污或不按许可证规定排污。”
时任环境保护部部长的陈吉宁组建了改革领导小组，以环境质量的改善为核心，开始探索改革的整体思路和方向。一个基本的共识是，这个改革要以排污许可制度为核心，整合各项环境管理制度，建立统一的环境管理平台，实现排污企业在建设、生产、关闭等生命周期不同阶段的全过程管理；实行一企一证；实行“一证式管理”；明晰各方责任，强化监管，落实企业的诚信责任和守法主体责任，推动企业从被动治理转向主动防范。
为了贯彻落实党中央、国务院的改革思路和目标要求，原环境保护部排污许可证实施领导小组开始讨论、起草、审议、修改改革文件。在参考国际上已有的成熟理论并与三十年来的环境管理实践经验相结合的基础上，领导小组又展开了密集的地方调研、行业调研，经过数十轮的专题讨论和多次的征求意见，顶层设计草案终于成型并提交国务院。
2016年11月10日，国务院发布《控制污染物排放许可制实施方案》（国办发【2016】81号文，以下简称“实施方案”），排污许可制度改革全面启动，历史的车轮朝着科学的、规律的、必然的方向前进。
“实施方案”发布后，其中不少“关键词”立即牵引了人们的视线，引发关注和热议——“固定污染源环境管理的核心制度”；“整合”现有制度；“一证式”管理，“减轻企业负担”；企业要建立“排污台账”，要提交“执行报告”，要“自证守法”，等等。
改革的时间紧，任务也重——到2020年，就要完成所有行业的排污许可证发放，实现“全行业覆盖”。“实施方案”发布后，原环境保护部旋即发文启动了火电、造纸两个行业的改革。因为这两个行业企业数量众多，排放总量大，同时环境管理基础也较好，因此作为试点行业首先开始发证。这时候，多个地方试点也正在从立法、监督、实施、流域治理、行业改革等不同角度先行先试，探索建立排污许可制度的中国特色道路。
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